W początku roku 1939 uzyskał smichę (ordynację) rabinacką w warszawskiej szkole Das Mosze i wyjechał do Zupran, blisko obecnej granicy litewsko-białoruskiej, gdzie objął funkcję rabina lokalnej społeczności. Po paru miesiącach wybuchła wojna i rabin Morejno trafił do getta w Oszmianach, gdzie również spełniał funkcję rabina. Później, po likwidacji getta oszmiańskiego, kontynuował swoją działalność jako rabin w getcie wileńskim.

Morejno przeżył pobyt w getcie i we wrześniu 1943 roku skierowany został, wraz z grupą innych ocalałych Żydów z Wilna i Kowna, do stosunkowo niewielkiego obozu koncentracyjnego Klooga w Estonii. Do legendy przeszła jego niezwykła postawa w warunkach ekstremalnych: nie tylko, że nadal wykonywał tam obowiązki rabina, ale nawet w warunkach obozowych przestrzegał kaszrutu i starał się uświęcać Szabat. W rok później, w obliczu ofensywy sowieckiej, Niemcy rozpoczęli likwidację obozu.

W dniach 19-23 września zamordowanych zostało około 2000 pozostałych wciąż przy życiu więźniów. 28 września 1944 roku obóz został wyzwolony. Wśród 85 ocalałych, którzy ukryli się w pobliskim lesie, znajdował się rabin Morejno. Po powrocie do Polski, rabin zamieszkał w Łodzi, gdzie założył Wyższą Szkołę Rabiniczną Netzach Israel, której w latach 1945-1946 był rektorem. Uczelnia liczyła ponad 200 studentów i zatrudniała 12 rabinów.

Morejno był człowiekiem bezkompromisowym i przeciwstawiał się liberalnemu traktowaniu praw Tory. Z tego powodu wszedł w konflikt z rabinem Dawidem Kahane, który był w tamtych latach przewodniczącym Naczelnej Rady Religijnej, a także działał w syjonistycznej partii Mizrachi.

Morejno uważał, że emigracja Żydów z Polski nie jest słuszna i nie opuścił Łodzi nawet wtedy, gdy jego uczelnia Netzach Izrael przeniosła się do Izraela. Konflikt, który przybrał ostre formy, spowodował, że grupa rabinów rozważała wykluczenie Morejny ze społeczności żydowskiej. Doszło w końcu do porozumienia i w roku 1948 Morejno został rabinem Łodzi. Jednak w roku 1952, gdy Morejno ostro przeciwstawił się planom władz miasta, oby okroić teren cmentarza żydowskiego, został usunięty z tego stanowiska.

W roku 1956, w trakcie gwałtownej odwilży politycznej, rabin Morejno objął znów funkcję rabina Łodzi, a także stanowisko przewodniczącego Naczelnej Rady Religijnej oraz Naczelnego (Głównego) Rabina Polski. W samym początku roku 1957 został jednak odwołany z wszystkich tych funkcji, ponieważ w opinii większości stawiane przez niego wymagania w sprawach przestrzegania halachy (religijnego prawa żydowskiego) były zbyt surowe. Apodyktycznie i ostro potępiał odchodzenie od zasad koszerności, naruszanie przestrzegania Szabatu, odstępstwa od reguł obchodzenia religijnych świąt. Wydawało się, że nie dostrzega, iż ludzi, którzy traktowali te sprawy tak jak on, już nie ma.

Morejno nigdy nie pogodził się z odwołaniem go z pełnionych funkcji, powołując się na reguły halachiczne, które nie dopuszczają usuwania rabina za wzywanie do przestrzegania żydowskiego prawa religijnego.

Będąc już wówczas jedynym rabinem pozostałym w Polsce i używając nadal tytułu Głównego Rabina Polski (mimo nieuznawania go przez władze PRL i podporządkowany tym władzom Związek Religijny Wyznania Mojżeszowego), Morejno rozpoczął swoją samotną i odważną walkę z aparatem przemocy komunistycznego państwa skierowanym przeciw Żydom, zaczynając od przeciwstawiania się dewastacji i likwidacji żydowskich cmentarzy. Na początku traktowano go względnie łagodnie, karząc grzywnami za "bezprawne używanie pieczęci rabina". Później Służba Bezpieczeństwa inwigilowała stale Morejnę, posuwając się do różnego rodzaju prowokacji [np. dziennikarz z Francji (Bernard Margueritte), który miał przeprowadzić z nim wywiad w roku 1964, został zatrzymany przez SB, a na jego miejsce podstawiono agenta].

Jednak w okresie po marcu 1968, gdy rabin Morejno ostro protestował przeciw nagonce na Żydów i przeciw wymuszaniu emigracji, wysyłając listy i apele do władz, został aresztowany i umieszczony w szpitalu psychiatrycznym (co, jak wiadomo, było - w tamtych latach - popularną metodą pozbywania się przez komunistyczne władze niepokornych ludzi).

Jego głos był w tamtych czasach samotnym wołaniem o sprawiedliwość. W liście skierowanym o pomoc do Prymasa Polski kardynała Wyszyńskiego (po odczytaniu w kościołach w dniu 3 maja 1968 roku słowa Episkopatu Polski w sprawie wydarzeń marcowych) pisał:

"Należałoby jeszcze życzyć sobie, aby te szlachetne słowa [chodzi o słowa prymasa] w obronie uciśnionych wypowiedziane zostały w niezawoalowanej i więcej wyrazistej formie, bo nie wiadomo, czy dociera to do wszystkich mas społeczeństwa polskiego, że ostre potępienie rasizmu dotyczy właśnie oczernianej w czambuł, prześladowanej obecnie i dyskryminowanej bezbronnej ludności żydowskiej naszego kraju". (obszerniejszy fragment tekstu - poniżej)

W roku 1973, gdy religijna społeczność Łodzi przestała już prawie istnieć, rabin Morejno zdecydował się wreszcie na emigrację do Nowego Jorku, gdzie po pewnym czasie podjął funkcję rabina wśród brooklyńskich chasydów gerskich. W Łodzi pozostawił mieszkanie (przy ulicy Kościuszki 53), w którym znajdował się niezwykle bogaty księgozbiór. W roku 1988 mieszkanie rabina Morejny przejęte zostało w sposób brutalny przez miejscowy urząd kwaterunkowy. W trakcie eksmisji znaczna część księgozbioru i dokumentów wyrzucona została na śmietnik lub spalona. Reszta została zabrana przez władze miejskie i nominalnie przekazana Uniwersytetowi Łodzkiemu, który jednak nie był w stanie zapewnić pozostałościom księgozbioru właściwej opieki. Po latach rabin Morejno podał miasto do sądu i w końcu lat dziewięćdziesiątych sąd łódzki przyznał mu symboliczne odszkodowanie za wyrządzone straty.

Jednak, przebywając już w USA, Morejno - jak wspomnieliśmy - nigdy nie uznał ważności pozbawienia go praw do sprawowania funkcji Głównego Rabina Polski. W 1981 roku uzyskał halachiczne potwierdzenie tego stanowiska od największego autorytetu w dziedzinie religijnego prawa żydowskiego - Mosze Feinsteina, przewodniczącego Agudy i rektora Wyższej Szkoły Rabinicznej Mesivta Tifereth Yerushalayim w Nowym Jorku.

Przeciwstawiający się nowoczesnej ortodoksji rabin Morejno powrócił w początku lat dziewięćdziesiątych do Polski, ale próby objęcia przez niego stanowiska Głównego Rabina Polski zdecydowanie nie spotkały się z aprobatą społeczności żydowskiej (przemocą został usunięty z bimy w Synagodze Nożyków w Warszawie). Przyczyną z pewnością był jego trudny charakter, bezkompromisowość i poglądy stanowczo nieuznające żadnych odstępstw od skrupulatnie przestrzeganych reguł halachy.

Rabin Morejno był postacią w jakimś sensie tragiczną. Jego religijność, ogromna wiedza, głębokie doświadczenia życiowe, niezłomny charakter - spowodowały, że nie umiał i nie chciał zaakceptować głębokich przemian, jakie trwale przeobraziły, w wyniku Holokaustu i emigracji, krajobraz żydowskiego życia w Polsce. Jego odwaga i całkowita, bezwzględna wierność zasadom, które ukształtowała zupełnie inna rzeczywistość - świat przedwojennej żydowskiej Polski, polskiej ultraortodoksji, polskich chasydów i wartości, które zniknęły z tego miejsca wraz z nimi - nie pozwoliła mu na żaden kompromis i wprowadziła w stały konflikt.

Starsi mieszkańcy Łodzi pamiętają jeszcze zapewne jego charakterystyczną sylwetkę - bardzo wysoką postać w spodiku (chasydzkiej czapie z lisiego futra) przemierzającą prawie codziennie swoją stałą trasę z ulicy Zachodniej 78 (gdzie mieściły się sztibl [dom modlitwy] i biuro rabina) do Biblioteki Miejskiej. Ta część miasta stanowiła przed pięćdziesięciu i czterdziestu laty serce powojennego żydowskiego życia w Łodzi. Mieściła się tam żydowska szkoła im. Pereca (zlikwidowana po marcu 1968 roku), funkcjonowały koszerne sklepy i stołówka.

O rabinie krążyły barwne legendy: opowiadano na przykład, że gdy zjawił się w Łodzi w 1945 roku, zakochał się z wzajemnością w bardzo młodej dziewczynie z żydowskiej bursy (gdzie mieszkały sieroty, które przeżyły Holokaust) i chciał się z nią żenić. Zarząd bursy i wychowawcy nie zezwalali. Rabin znalazł na to sposób godny zakochanego chasyda: po prostu porwał ją i wzięli ślub.

(część informacji biograficznych zaczerpnęliśmy z artykułu Augusta Grabskiego "Współczesne życie religijne Żydów w Polsce", zamieszczonego w: „Studia z dziejów i kultury Żydow w Polsce po 1945 roku", Warszawa 1997. Niektóre z nich (np. data urodzin [1919] - okazały się jednak błędne)

List rabina Morejny do Sekretariatu Prymasa Polski, datowany 9 maja 1968, roku został odnaleziony w Archiwum Instytutu Pamięci Narodowej, Był on załączony do notatki sporządzonej 15 maja 1968 roku, której autorem był płk. Stanisław Morawski - dyrektor Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, zajmującego się inwigilacją Kościoła:

Na tle dziko rozpasanej obecnie, niepohamowanej kampanii antyżydowskiej, zasługuje na szczególne uznanie pełne mądrości politycznej postępowanie Czcigodnego Zwierzchnika Episkopatu Polskiego, który stając w energicznej obronie studentów i młodzieży polskiej, spragnionej nieskłamanej wolności, znalazł jednak dużo taktu i umiaru dla uniknięcia zaostrzenia sytuacji, a czynił wszystko dla poszanowania Majestatu Państwa Polskiego i dla zachowania powagi Władzy Państwowej ustanowionej Opatrznością Bożą, przeto umiejętnie działał dla złagodzenia i uciszenia podrażnionych namiętności. Powinniśmy też wyrazić serdeczne podziękowanie za wygłoszone - jak słyszymy ostatnio - kazanie, w którym łagodnymi, lecz stanowczymi słowami napiętnowane zostały chyba też wystąpienia antyżydowskie i głośno potępione zostało "podjudzanie jednej części społeczeństwa do nienawiści przeciwko drugiej i namawianie, aby brat podnosił rękę i używał nikczemnych gróźb przeciwko swojemu bratu, jakby obaj nie byli synami tej samej Ziemi - Ojczyzny". Głęboka jest nasza wdzięczność dla Dostojnego Prymasa Polski, który w ciężkiej dla nas chwili podniósł swój głos protestu przeciwko szerzeniu nienawiści i niestrudzenie nawołuje do miłości, do pojednania i konsolidacji całego narodu. Należałoby jeszcze życzyć sobie, aby te szlachetne słowa w obronie uciśnionych wypowiedziane zostały w niezawoalowanej i więcej wyrazistej formie, bo nie wiadomo, czy dociera to do wszystkich mas społeczeństwa polskiego, że ostre potępienie rasizmu dotyczy właśnie oczernianej w czambuł, prześladowanej obecnie i dyskryminowanej bezbronnej ludności żydowskiej naszego kraju.

RABIN MOREJNO ODPOWIADA